मालेगाव निकालानंतर काँग्रेस पक्षाने "हिंदू दहशतवाद" किंवा "भगवा आतंकवाद" असा एक विशिष्ट नॅरेटिव्ह तयार केला होता. मात्र, तो पूर्णपणे खोटा ठरला आहे.१९९० च्या दशकाच्या शेवटी आणि २००० च्या सुरुवातीच्या काळात जगभरात मोठ्या प्रमाणावर दहशतवादी घटना घडत होत्या. अनेक घटनांचे धागेदोरे पाकिस्तानपर्यंत जात होते. त्यामुळे 'इस्लामिक दहशतवाद' असा नॅरेटिव्ह आंतरराष्ट्रीय पातळीवर निर्माण झाला होता तो भारताने तयार केलेला नव्हता.मात्र, या नॅरेटिव्हचा त्यांच्या मतबँकेवर विपरीत परिणाम होत असल्याचे काँग्रेसच्या लक्षात आले. सर्व मुस्लिमांना आतंकवादी ठरवले गेले नव्हते, तरीदेखील सर्व हिंदूंना दहशतवादी ठरवण्यासाठी काँग्रेस पक्षाने विशेषतः यूपीए सरकारने एक रचना आखली. त्यांनी "हिंदू दहशतवाद" हा शब्द तयार करून, काही निर्दोष व्यक्तींना अटक केली.

याचा उद्देश असा होता की, हिंदुत्ववादी संघटना विशेषतः राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ व त्याच्याशी संबंधित इतर संघटना यांना या कथित "भगवा आतंकवाद" प्रकरणात गुंतवावे. पोलीस यंत्रणेवर दबाव आणून अशा प्रकारचा खोटा आरोप लादण्याचा प्रयत्न झाला. मात्र, त्याचे कोणतेही ठोस पुरावे मिळाले नाहीत.तरीही, पुराव्यांअभावी कारवाई करावी, असा दबाव पोलीस यंत्रणेवर टाकण्यात आला. मात्र अनेक अधिकारी या दबावाला बळी पडले नाहीत. त्यामुळे पुढील कारवाई थांबली. अन्यथा, हे एक खूप खोलवर रचलेले षड्यंत्र होते.आता या प्रकरणाचा हळूहळू पर्दाफाश होत आहे. त्या काळातील भारतातील आणि राज्यातील सरकारने हिंदूंना दहशतवादी ठरवून, हिंदू संघटनांवर बंदी आणण्याचा प्रयत्न केला होता, हे वास्तव आता समोर येत आहे.