अल्पसंख्याक विभागाकडून शैक्षणिक संस्थांना देण्यात आलेल्या प्रमाणपत्रांच्या वाटपात मोठा भ्रष्टाचार झाल्याचा आरोप सामाजिक कार्यकर्ते अक्षय जैन यांनी केला आहे. मंत्रालयात या प्रकरणाची फाईल पाहण्यासाठी गेले असता अधिकाऱ्यांनी दीड तास टाळाटाळ केल्याचा अनुभव त्यांनी सांगितला. जैन म्हणाले की, 'रोहित पवार यांनी सांगितल्याप्रमाणे एका प्रमाणपत्रासाठी २० ते २५ लाख रुपयांचा रेट सुरू आहे, हे शंभर टक्के सत्य आहे.' मुख्यमंत्री आणि उपमुख्यमंत्र्यांनी चौकशीचे आदेश देऊनही अधिकारी माहिती लपवत असल्याचा दावा त्यांनी केला आहे. या प्रकरणाची चौकशी निवृत्त न्यायमूर्तींमार्फत करण्याची मागणी त्यांनी केली असून, केवळ एका उपसचिवाच्या बदलीने हा प्रश्न सुटणार नाही, असेही त्यांनी स्पष्ट केले. तांत्रिक बिघाडाचे कारण देऊन स्थगिती उठवणे संशयास्पद असल्याचे सांगत त्यांनी प्रशासकीय पारदर्शकतेवर प्रश्नचिन्ह उपस्थित केले आहे.